Os seis anos de 243 a 249, durante os quais o rumo do Império Romano ficou sob a direção de Felipe, o Árabe, foram considerados um intervalo de trégua do regime do anticristianismo. No último ano, porém, houve um episódio que comprovou que a aversão aos cristãos, pelo menos na província africana, não havia desaparecido.

O ocorrido era narrado por Dionísio, o bispo da Alexandria no Egito, em uma carta que enviou ao bispo Fábio da diocese de Antioquia, em 249. Na carta ele escreveu que: No dia 9 de fevereiro, um charlatão alexandrino, maligno adivinho e falso profeta, que insuflava a população pagã, sempre pronta a se agitar, provocou uma terrível revolta. As casas dos cristãos foram invadidas. Os pagãos saquearam os vizinhos católicos ou aqueles que estivessem mais próximos, levando as jóias e objetos preciosos. Os móveis e as roupas foram levados para uma praça, onde ergueram uma grande fogueira. Os cristãos, mesmo os velhos e as crianças, foram arrastados pelas ruas, espancados, escorraçados e, condenados a morte, caso não renegassem a fé em voz alta. A cidade parecia que tinha sido tomada por uma multidão de demônios enfurecidos.

Os pagãos prenderam também a bondosa virgem Apolônia que tinha idade avançada. Foi espancada violentamente no rosto porque se recusava a repetir as blasfêmias contra a Igreja, por isto teve os dentes arrancados. Além disso, foi arrastada até a grande fogueira que ardia no centro da cidade. No meio da multidão enlouquecida disseram que seria queimada viva se não repetisse, em voz alta, uma declaração pagã renunciando a fé em Cristo. Neste instante, ela pediu para ser solta por um momento, sendo atendida ela saltou rapidamente na fogueira, sendo consumida pelo fogo.

O martírio da virgem Apolônia, que terminou aparentemente em suicídio, causou, exatamente por isto, um grande questionamento dentro da Igreja, que passou a avaliar se era correto e lícito se entregar voluntariamente à morte para não renegar a fé. Esta dúvida encontrou eco também no livro “A cidade de Deus” de Santo Agostinho, que também não apresentou uma posição definida.

Contudo, o gesto da mártir Apolônia, a sua vida reclusa dedicada à caridade cristã, provocou grande emoção e devoção na província africana inteira, onde ela consumou o seu sacrifício. Passou a ser venerada, porque foi justamente o seu apostolado desenvolvido entre os pobres da comunidade que a colocou na mira do ódio e da perseguição dos pagãos, e o seu culto se difundiu pelas dioceses no Oriente e no Ocidente.

Em várias cidades européias surgiram igrejas dedicadas a ela. Em Roma foi erguida uma igreja, hoje desaparecida, próxima de Santa Maria em Trasteve, Itália.

Sobre a sua vida não se teve outro registro, senão que seus devotos a elegeram, no decorrer dos tempos, como protetora contra as doenças da boca e das dores dos dentes. Mas restou seu exemplo de generosa e incondicional oferta a Cristo.